A produção do conhecimento científico, a formação de pesquisadores e a melhoria dos procedimentos diagnósticos e terapêuticos do câncer, além da promoção do intercâmbio com instituições similares no Brasil e no exterior, são as diretrizes por que se guia a pesquisa oncológica no INCA.
Em 1998, a Coordenadoria de Pesquisa (CPQ) deu continuidade ao processo de ampla reestruturação, iniciado no exercício anterior. Destacam-se a inauguração de suas novas instalações, e o recrutamento de pesquisadores de alta qualificação e de reconhecida produtividade científica para chefiar os três programas de pesquisa no INCA, iniciados em setembro: Biologia Celular, Farmacologia e Medicina Experimental.
Para atuar nesses programas, foram admitidos pesquisadores juniores, com reconhecida produtividade científica, tanto pela Fundação Ary Frauzino, como por cessão no âmbito do convênio de intercâmbio com a Universidade Federal do Rio de Janeiro.
Foram criadas a Comissão Científica para Ensaios Clínicos e a Comissão de Planejamento do Programa de Pós-Graduação do INCA, ambas já em plena atividade.
A partir de agosto de 1998, seminários de integração entre pesquisadores das áreas básica, epidemiológica e clínica passaram a ser realizados regularmente.
A Coordenadoria de Pesquisa dispõe de equipamentos para análise de citometria de fluxo, que possibilita a classificação de linhagens celulares tumorais (imunofenotipagem); mantém um banco de células leucêmicas e de outros tipos tumorais e uma outra coleção de soros de doadores e de pacientes com câncer, ou politransfundidos; e dispõe de instalações especiais para criogenia, sistema de preservação de material biológico a baixas temperaturas, utilizando-se cultura de células infectadas ou não por vírus.