Foi criada em 1999 pelo Decreto nº 3.136 com o objetivo de subsidiar o Presidente da República nos posicionamentos e decisões do Brasil durante as rodadas de negociação da Convenção-Quadro da OMS para o Controle do Tabaco, que aconteceram entre 1999 e 2003. Neste período era chamada de Comissão Nacional para o Controle do Uso do Tabaco (CNCT) e formada por nove ministérios.

O trabalho da CNCT no cenário nacional contribuiu para significativos avanços na política de controle do tabagismo, em diferentes áreas, como a obrigatoriedade da inserção de imagens de advertência sanitária nas embalagens de produtos derivados de tabaco; a proibição do trabalho de menor de 18 anos na produção do fumo; e a proibição da utilização do crédito público do Programa Nacional de Agricultura Familiar para a produção de fumo.

Com a aprovação da Convenção-Quadro da OMS na Assembleia Mundial da Saúde e a assinatura do governo brasileiro no tratado em 2003, o Brasil assumiu a obrigação de estabelecer e financiar "mecanismo de coordenação nacional ou pontos focais para controle do tabaco", além do dever de adotar medidas administrativas para elaborar as políticas públicas adequadas para prevenção e redução do seu consumo. Por esta razão, a Comissão substituiu seu caráter consultivo pelo papel executivo, tornando-se responsável pela implementação das obrigações do tratado no país. Através do Decreto de 1º de agosto de 2003, passou a ser denominada Comissão Nacional para Implementação da Convenção-Quadro para o Controle do Tabaco e de seus Protocolos (Conicq).

Cabe à Conicq promover o desenvolvimento, a implementação e a avaliação de estratégias, planos e programas, assim como políticas, legislações e outras medidas para o cumprimento das obrigações previstas na Convenção-Quadro da OMS para o Controle do Tabaco (artigo 2º, IV do Decreto).

A Comissão também é responsável por representar o governo brasileiro e defender seus posicionamentos nas sessões da Conferência das Partes, nas Reuniões das Partes do Protocolo, nas reuniões de grupos de trabalho e de estudos estabelecidos pelos Estados Partes do Tratado e nas sessões dos órgãos de negociação de protocolos (instrumento vinculante com medidas para enfrentamento de um tema específico, como por exemplo, combate ao comércio ilícito de produtos de tabaco).

Cabe ressaltar que a ratificação da Convenção-Quadro para o Controle do Tabaco - CQCT tem status de lei ordinária e prevê a criacao de um mecanismo de coordenação nacional, portanto, confere total legitimidade aos trabalhos da Comissão Nacional Implementação da Convenção-Quadro para o Controle do Tabaco e de seus Protocolos (Conicq) e à vigência do Decreto s/nº de 1º de agosto de 2003.