Foi criada em 1999 pelo Decreto nº 3.136 com o objetivo de subsidiar o Presidente da República nos posicionamentos e decisões do Brasil durante as rodadas de negociação da Convenção-Quadro da OMS para o Controle do Tabaco, que aconteceram entre 1999 e 2003. Neste período era chamada de Comissão Nacional para o Controle do Uso do Tabaco (CNCT) e formada por nove ministérios.

O trabalho da CNCT no cenário nacional contribuiu para significativos avanços na política de controle do tabagismo, em diferentes áreas, como a obrigatoriedade da inserção de imagens de advertência sanitária nas embalagens de produtos derivados de tabaco; a proibição do trabalho de menor de 18 anos na produção do fumo; e a proibição da utilização do crédito público do Programa Nacional de Agricultura Familiar para a produção de fumo.

Com a aprovação da Convenção-Quadro da OMS na Assembleia Mundial da Saúde e a assinatura do governo brasileiro no tratado em 2003, a Comissão substituiu seu caráter consultivo pelo papel executivo, tornando-se responsável pela implementação das obrigações do tratado no país. Através do Decreto de 1º de agosto de 2003, passou a ser denominada Comissão Nacional para Implementação da Convenção-Quadro para o Controle do Tabaco e de seus Protocolos (Conicq).

Cabe à Conicq promover o desenvolvimento, a implementação e a avaliação de estratégias, planos e programas, assim como políticas, legislações e outras medidas para o cumprimento das obrigações previstas na Convenção-Quadro da OMS para o Controle do Tabaco (artigo 2º, IV do Decreto).

A Comissão também é responsável por representar o governo brasileiro e defender seus posicionamentos nas sessões da Conferência das Partes, nas reuniões de grupos de trabalho e de estudos estabelecidos pelos Estados Partes do Tratado e nas sessões dos órgãos de negociação de protocolos (instrumento vinculante com medidas para enfrentamento de um tema específico, como por exemplo, combate ao comércio ilícito de produtos de tabaco).