Pesquisa

Bioinformática e biologia computacional


Última modificação: 04/08/2021 | 14h11

Os recentes avanços nos métodos de análise em larga escala, como os microarranjos e as novas tecnologias de sequenciamento, têm proporcionado a geração de um número expressivo de dados ômicos aplicados ao estudo do Câncer. A revolução do “Big Data” aplicado à oncologia permite um estudo mais aprofundado da biologia do tumor em nível genético e genômico, levando a soluções de saúde mais direcionadas e personalizadas para pacientes com câncer. Isso é possível através da identificação de assinaturas e perfis moleculares do câncer, bem como marcadores de prognóstico, resposta terapêutica, entre outros. Embora sejam cruciais para o avanço e melhorias na área da saúde, o uso, integração e armazenamento desse grande volume de dados, é atualmente um grande desafio para a bioinformática. Nesse sentido, o Laboratório de Bioinformática e Biologia Computacional do INCA (LBBC) propõe-se a analisar dados em larga escala no intuito de caracterizar de forma abrangente os eventos moleculares em cânceres na tentativa de melhor compreender esse sistema tão complexo, assim como identificar novos marcadores moleculares que possam impactar o desfecho da doença. Atualmente, a equipe do LBBC vem trabalhando com dados de sequenciamento de células únicas (single cell) no estudo de células do microambiente tumoral.

 

Líder do Laboratório: 

Mariana Boroni (Lattes)
Pesquisador Associado
Email: mariana.boroni@inca.gov.br
Telefone: +55 21 32076550

 

Linhas de pesquisa: 

  • Integração de dados multi-ômicos para detecção de marcadores moleculares de interesse clínico. 
  • Estudo do microambiente tumoral através de imunoinformática e dados de single-cell
  • Uso de machine learning para reconhecimento de padrões, classificação e seleção de marcadores de interesse

 

Pessoal:

Alunos de doutorado: 
Caroline de Aguiar Pires Poubel (co-orientação)
Cristóvão Antunes de Lanna (co-orientação)
Marco Antônio Pretti (co-orientação)

Alunos de mestrado: 
Giovanna Carolina Resk Maklouf Correa
Jéssica Gonçalves Vieira da Cruz
Cristiane Esteves Teixeira

Aluno de aperfeiçoamento: 
Gabriela Rapozo Guimarães (AP I)
Vanessa Leiko Oikawa Cardoso (AP II)

Alunos de iniciação científica:
Gabriela Jachs Stepien
Guilherme Duarte de Moraes

Colaboradora:
Nicole Scherer (INCA)

Alunos egressos:
Brena Duraes Rangel dos Santos (IC)
Daniel Andrade Moreira (Pós-Doc)
Natasha Andressa Nogueira Jorge (Pós-Doc)

 

Publicações selecionadas:

  • Guimarães GR, Almeida PP, Santos LO, Rodrigues LP, Carvalho JL, BORONI M. Hallmarks of Aging in Macrophages: Consequences to Skin Inflammaging. Cells, v. 10, p. 1323, 2021. (Pubmed)
  • Poubel CP, Boroni M, Emerenciano M. 13q12.2 deletions and FLT3 overexpression in acute leukemias. Blood Advances, v. 5, p. 2075-2078, 2021. (PubMed)
  • Pretti MAM, Galvani RG, Vieira GF, Bonomo A, Bonamino MH, Boroni M. Class I HLA allele predicted antigenic coverages for Spike and Nucleocapsid proteins are associated with deaths related to COVID-19. Frontiers in Immunology, v. 11, p. 565730, 2020. (PubMed)
  • Boroni M, Zonari A, Oliveira CR, Alkatib K, Cruz E, Brace LE, Carvalho, JL. Highly accurate Skin-Specific methylome analysis algorithm as a platform to screen and validate therapeutics for healthy aging. Clin Epigenetics. 2020;12(1):105. (PubMed)
  • Pretti MAM, Bernardes S, Cruz JGV, Boroni M, Possik PA. Extracellular vesicle-mediated crosstalk between melanoma and the immune system: impact on tumor progression and therapy response. Journal of Leukocyte Biology, v. 108, p. 1, 2020. (PubMed)
  • Jorge NAN, Cruz JGV, Pretti MAM, Bonamino MH, Possik PA, Boroni M. Poor clinical outcome in metastatic melanoma is associated with a microRNA-modulated immunosuppressive tumor microenvironment. J Transl Med. 18(1):56. 2020. (PubMed)
  • Poubel, CP, Mansur MB, Boroni M, Emerenciano, M. FLT3 overexpression in acute leukaemias: New insights into the search for molecular mechanisms. Biochimica et Biophysica Acta-Reviews on Cancer v. 1872, p. 80-88, 2019. (PubMed)
  • Costa RL, Boroni M, Soares MA. Distinct co-expression networks using multi-omic data reveal novel interventional targets in HPV-positive and negative head-and-neck squamous cell cancer. Sci Rep. 8(1):15254. 2018. (PubMed)
  • Pereira MB, Barros LRC, Bracco PA, Vigo A, Boroni M, Bonamino MH, Lenz G. Transcriptional characterization of immunological infiltrates and their relation with glioblastoma patients overall survival. Oncoimmunology. 7(6):e1431083. 2018. (PubMed)
  • Viana MC, Tavares WC, Brant AC, Boroni M, Seuánez HN. The human retinoblastoma susceptibility gene (RB1): an evolutionary story in primates. Mamm Genome. 28(5-6):198-212. doi: 10.1007/s00335-017-9689-4. 2017. (PubMed)
  • Eser P, Wachutka L, Maier KC, Demel C, Boroni M, Iyer S, Cramer P, Gagneur J. Determinants of RNA metabolism in the Schizosaccharomyces pombe genome. Mol Syst Biol. 12(2):857. 2016 (PubMed)

 

Ferramentas desenvolvidas:

https://www.molclock.com

 

Localização:

Instituto Nacional de Câncer
Coordenação de Pesquisa
Rua André Cavalcanti, 37 1º andar
Centro, Rio de Janeiro
CEP: 20231-050
Telefone: +55 21 32076546

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