Pesquisa

Bioinformática e biologia computacional


Última modificação: 12/08/2020 | 15h00

Os recentes avanços nos métodos de análise em larga escala, como os microarranjos e as novas tecnologias de sequenciamento, têm proporcionado a geração de um número expressivo de dados ômicos aplicados ao estudo do Câncer. A revolução do “Big Data” aplicado à oncologia permite um estudo mais aprofundado da biologia do tumor em nível genético e genômico, levando a soluções de saúde mais direcionadas e personalizadas para pacientes com câncer. Isso é possível através da identificação de assinaturas e perfis moleculares do câncer, bem como marcadores de prognóstico, resposta terapêutica, entre outros. Embora sejam cruciais para o avanço e melhorias na área da saúde, o uso, integração e armazenamento desse grande volume de dados, é atualmente um grande desafio para a bioinformática. Nesse sentido, o Laboratório de Bioinformática e Biologia Computacional do INCA (LBBC) propõe-se a analisar dados em larga escala no intuito de caracterizar de forma abrangente os eventos moleculares em cânceres na tentativa de melhor compreender esse sistema tão complexo, assim como identificar novos marcadores moleculares que possam impactar o desfecho da doença. 

 

Líder do Laboratório: 

Mariana Boroni (Lattes)
Pesquisador Associado
Email: mariana.boroni@inca.gov.br
Telefone: +55 21 32076550

 

Linhas de pesquisa: 

  • Integração de dados multi-ômicos para detecção de marcadores moleculares de interesse clínico. 
  • Imunoinformática
  • Uso de machine learning para reconhecimento de padrões, classificação e seleção de marcadores de interesse

 

Pessoal:

Alunos de doutorado: 
Caroline de Aguiar Pires Poubel (co-orientação)
Cristóvão Antunes de Lanna (co-orientação)
Marco Antônio Pretti (co-orientação)

Alunos de mestrado: 
Giovanna Carolina Resk Maklouf Correa
Jéssica Gonçalves Vieira da Cruz

Aluno de aperfeiçoamento: 
Cristiane Esteves Teixeira (API)
Palloma Porto Almeida (APII)
Sarah Hannah Lucius Lacerda de Góes Telles Carvalho Alves (APII)

Alunos de iniciação científica:
Gabriela Rapozo Guimarães
Guilherme Duarte de Moraes

Colaboradora:
Nicole Scherer (INCA)

Alunos egressos:
Brena Duraes Rangel dos Santos (IC)
Daniel Andrade Moreira (Pós-Doc)
Natasha Andressa Nogueira Jorge (Pós-Doc)

 

Publicações selecionadas:

  • Boroni M, Zonari A, Oliveira CR, Alkatib K, Cruz E, Brace LE, Carvalho, JL. Highly accurate Skin-Specific methylome analysis algorithm as a platform to screen and validate therapeutics for healthy aging. Clin Epigenetics. 2020;12(1):105. (PubMed)
  • Pretti MAM, Bernardes S, Cruz JGV, Boroni M, Possik PA. Extracellular vesicle-mediated crosstalk between melanoma and the immune system: impact on tumor progression and therapy response. Journal of Leukocyte Biology, v. 108, p. 1, 2020. (PubMed)
  • Jorge NAN, Cruz JGV, Pretti MAM, Bonamino MH, Possik PA, Boroni M. Poor clinical outcome in metastatic melanoma is associated with a microRNA-modulated immunosuppressive tumor microenvironment. J Transl Med. 18(1):56. 2020. (PubMed)
  • Poubel, CP, Mansur MB, Boroni M, Emerenciano, M. FLT3 overexpression in acute leukaemias: New insights into the search for molecular mechanisms. Biochimica et Biophysica Acta-Reviews on Cancer v. 1872, p. 80-88, 2019. (PubMed)
  • Costa RL, Boroni M, Soares MA. Distinct co-expression networks using multi-omic data reveal novel interventional targets in HPV-positive and negative head-and-neck squamous cell cancer. Sci Rep. 8(1):15254. 2018. (PubMed)
  • Pereira MB, Barros LRC, Bracco PA, Vigo A, Boroni M, Bonamino MH, Lenz G. Transcriptional characterization of immunological infiltrates and their relation with glioblastoma patients overall survival. Oncoimmunology. 7(6):e1431083. 2018. (PubMed)
  • Souza-Santos PT, Soares Lima SC, Nicolau-Neto P, Boroni M, Meireles Da Costa N, Brewer L, Menezes AN, Furtado C, Moreira MAM, Seuanez HN, de Almeida Simão T, Ribeiro Pinto LF. Mutations, Differential Gene Expression, and Chimeric Transcripts in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Show High Heterogeneity. Transl Oncol. 11(6):1283-1291. 2018. (PubMed)
  • Nicolau-Neto P, Da Costa NM, de Souza Santos PT, Gonzaga IM, Ferreira MA, Guaraldi S, Moreira MA, Seuánez HN, Brewer L, Bergmann A, Boroni M, Mencalha AL,  Kruel CDP, Lima SCS, Esposito D, Simão TA, Pinto LFR. Esophageal squamous cell carcinoma transcriptome reveals the effect of FOXM1 on patient outcome through novel PIK3R3 mediated activation of PI3K signaling pathway. Oncotarget. 9(24):16634-16647. 2018. (PubMed
  • Viana MC, Tavares WC, Brant AC, Boroni M, Seuánez HN. The human retinoblastoma susceptibility gene (RB1): an evolutionary story in primates. Mamm Genome. 28(5-6):198-212. doi: 10.1007/s00335-017-9689-4. 2017. (PubMed)
  • Eser P, Wachutka L, Maier KC, Demel C, Boroni M, Iyer S, Cramer P, Gagneur J. Determinants of RNA metabolism in the Schizosaccharomyces pombe genome. Mol Syst Biol. 12(2):857. 2016 (PubMed)

 

Ferramentas desenvolvidas:

https://www.molclock.com

 

Localização:

Instituto Nacional de Câncer
Coordenação de Pesquisa
Rua André Cavalcanti, 37 1º andar
Centro, Rio de Janeiro
CEP: 20231-050
Telefone: +55 21 32076546

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