O processo seletivo para mestrado e doutorado no PPGO-INCA ocorre anualmente, no segundo semestre, para turma com início no 1º semestre do ano seguinte. O processo seletivo, tanto para mestrado quanto para doutorado, tem início com o pedido de cadastramento dos orientadores, que é requisito obrigatório a todos os docentes que querem apresentar alunos para a seleção. Há então a pré-inscrição do candidato, quando a documentação exigida é verificada e se o projeto enquadra-se nas linhas de pesquisa e projetos cadastrados no Programa.